Asystent lub asystentkastanowisko badawczo-dydaktyczne, Dziedzina nauk inżynieryjno-technicznych, informatyka techniczna i telekomunikacja

Zakres obowiązków

• 1) Analiza danych genomowych pochodzących z eksperymentów iBLESS, ChIA-PET, ChIA-Drop, Hi-C oraz HiChIP
• 2) Trójwymiarowe modelowanie obliczeniowe z wykorzystaniem danych eksperymentalnych ChIA-PET, ChIA-Drop, Hi-C i HiChIP
• 3) Analiza statystyczna danych epigenomowych oraz danych z eksperymentów ATAC-seq, ChIP-seq i RNA-seq
• 4) Walidacja i ocena porównawcza (benchmarking) bioinformatycznych modeli opartych na sztucznej inteligencji z wykorzystaniem dokowania molekularnego i symulacji dynamiki molekularnej
• 5) Modelowanie obliczeniowe i analiza oddziaływań białko-ligand-RNA-DNA przy użyciu narzędzi takich jak GLIDE, AutoDock, RxDock, DOCK 6, LeDock, GOLD
• 6) Zastosowanie i rozwój metod wyjaśnialnej sztucznej inteligencji (XAI) w celu wyjaśnienia mechanizmów oddziaływań biomolekularnych
• 7) Analiza statystyczna i obliczeniowa danych z symulacji dynamiki molekularnej z wykorzystaniem bibliotek OpenMM i innych podobnych rozwiązań typu open-source
• a) Interpretacja wyników uzyskanych przy użyciu sztucznej inteligencji oraz ich integracja z wiedzą biofizyczną;
• b) Analiza wyników symulacji i formułowanie hipotez biofizycznych;
• c) Zaangażowanie i praca nad projektem w pełnym wymiarze godzin;
• d) Wykazywanie inicjatywy w identyfikowaniu i rozwiązywaniu problemów związanych z badaniami;
• e) Efektywna organizacja własnej pracy oraz zwiększanie widoczności osiągnięć poprzez publikacje;
• f) Aktywny udział w cotygodniowych spotkaniach laboratoryjnych, seminariach naukowych i konferencjach międzynarodowych
• g) Przygotowywanie publikacji oraz wniosków o indywidualne granty dla młodych naukowców.