Opis stanowiska
Dyrektor Centrum Nowych Technologii UW, wraz z kierownikiem projektu, ogłaszają konkurs na stanowisko stażysty podoktorskiego (starszego asystenta) w grupie pracowników badawczych w Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej Centrum Nowych Technologii UW.
Tytuł projektu: Rekonstrukcja i kalibracja drzewa filogenetycznego rodzaju Microtus z wykorzystaniem sekwencji genomów ze Środkowego Plejstocenu
Kierownik projektu: dr hab. Mateusz Baca
Numer konkursu: CeNT-33.1-2023
Po więcej informacji zapraszamy na:
https://konkursydlanauczycieli.uw.edu.pl/api/document/2570/datafile/pdf
Nasze wymagania
- Do konkursu mogą przystąpić osoby, które spełniają warunki określone w art. 113 Ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z dnia 20 lipca 2018 roku (Dz. U. z 2023 r. poz. 742 z późniejszymi zmianami), oraz Regulaminie przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych, dla konkursu OPUS 20)
- Stopień doktora nauk biologicznych na kierunku biologia, biotechnologia lub biologia molekularna lub pokrewnym uzyskany nie wcześniej niż siedem lat przed rozpoczęciem pracy. Stopień doktora powinien być uzyskany w kraju UE, EFTA, OCED lub nostryfikowany najpóźniej w dniu zatrudnienia
- Znajomość genetyki molekularnej, podstawowa znajomość technik laboratoryjnych. Znajomość technik laboratoryjnych zorientowanych na pracę z kopalnym DNA mile widziana
- Znajomość systemów opartych na jądrze Unix. Umiejętność pracy z poziomu linii komand. Doświadczenie w opracowaniu bioinformatycznym danych genomowych ze szczególnym uwzględnieniem danych z kopalnego DNA (ancient DNA). Doświadczenie w analizach filogenetycznych i populacyjnych w oparciu o dane genomowe mile widziane
- Motywacja do pracy
- Znajomość języka angielskiego na poziomie umożliwiającym swobodną komunikację i czytanie ze zrozumieniem literatury specjalistycznej oraz przygotowanie artykułów naukowych
Zakres obowiązków
- Do obowiązków pracownika należeć będzie analiza bioinformatyczna danych uzyskanych w wyniku sekwencjonowania wysokoprzepustowego współczesnych i kopalnych okazów małych ssaków, głownie norników
- Opracowanie surowych danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego – kontrola jakości, filtrowanie, mapowanie do sekwencji referencyjnej (przykładowe programy: BWA, Samtools, picard)
- Analiza filogenomiczna uzyskanych danych, w tym rekonstrukcja relacji między osobnikami (analiza PCA, ADMIXTURE), przywoływanie wariatów i sekwencji uzgodnionej (np. ANGSD, Samtools), oszacowanie parametrów zmienności na poziomie osobnika i populacji (np. heterozygotyczność, ciągi homozygotyczności; np. Angsd, ROHan), rekonstrukcja drzew genów i gatunków (np. ASTRAL3), kalibracja drzew opartych o dane genomowe (np. mcmctree), analiza przepływu genów między populacjami lub gatunkami (statystki D; np. qpDstat, Angsd), rekonstrukcja tzw. admixture graphs (qpGraph), rekonstrukcja zmian efektywnej (np. PSMC lub metody pokrewne)
- Modelowanie historii populacji/gatunków z wykorzystaniem Approximate Bayesian Computations (np. Fastsimcoal2)
- Graficzne opracowanie uzyskanych danych, udział w przygotowaniu publikacji naukowych.
- Umieszczenie danych w postaci surowej lub przetworzonej w odpowiednich repozytoriach (ENA, GenBank)
Dokumenty wymagane do rekrutacji
- Życiorys kandydata
- List motywacyjny (max 1 strona A4)
- Kopia dyplomu doktorskiego lub dokument potwierdzający, że Kandydat uzyska tytuł doktora przed rozpoczęciem pracy
- Lista opublikowanych artykułów naukowych, których kandydat jest współautorem
- List rekomendacyjny od poprzedniego pracodawcy lub promotora doktoratu mile widziany
- Podpisana klauzula informacyjna o ochronie danych osobowych
- Podpisane oświadczenie, w którym kandydat potwierdza, że zapoznał się, i akceptuje zasady przeprowadzania konkursów, zawarte w następujących dokumentach: Zarządzenie nr 106 Rektora UW z dnia 27 września 2019 Par. 126 Statutu UW Uchwała nr 443 z 26 czerwca 2019