Opis stanowiska
Dyrektor Centrum Nowych Technologii UW, wraz z kierownikiem projektu, ogłaszają konkurs na stanowisko studenta w Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej Centrum Nowych Technologii UW.
Tytuł projektu: Rekonstrukcja i kalibracja drzewa filogenetycznego rodzaju Microtus z wykorzystaniem sekwencji genomów ze Środkowego Plejstocenu
Kierownik projektu: dr hab. Mateusz Baca
Numer konkursu: CeNT-14.1-2025
Po więcej informacji zapraszamy na: https://www.uw.edu.pl/wp-content/uploads/2025/02/cent-14.1-2025_opus20_baca_student2025_17.03.25_dop.pdf
Nasze wymagania
- Do konkursu mogą przystąpić osoby spełniające warunki określone w regulaminie przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki dla projektu OPUS 20
- Status studenta na uczelniach na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej (na dzień rozpoczęcia realizacji zadań w projekcie)
- Motywacja do pracy
- Znajomość podstaw genetyki molekularnej, analiz filogenetycznych i analiz z zakresu genetyki populacyjnej
- Doświadczenie w pracy z systemem operacyjnym Linux
- Znajomość języka angielskiego na poziomie umożliwiającym swobodną komunikację i czytanie ze zrozumieniem literatury specjalistycznej
Zakres obowiązków
- Do obowiązków studenta należeć będzie sekwencjonowanie wysokoprzepustowe oraz analiza bioinformatyczna danych uzyskanych w wyniku sekwencjonowania współczesnych i kopalnych okazów małych ssaków, głównie norników.
- Opracowanie bioinformatyczne surowych danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego – kontrola jakości, filtrowanie, mapowanie do sekwencji referencyjnej (przykładowe programy: BWA, Samtools, picard)
- Przywoływanie i filtrowanie genotypów (bcftools, ANGSD)
- Rekonstrukcja drzew filogenetycznych w oparciu o dane całogenomowe (Astral)
- Umieszczenie danych w postaci surowej lub przetworzonej w odpowiednich repozytoriach (ENA, GenBank)
- Graficzne opracowanie uzyskanych danych, udział w przygotowaniu publikacji naukowych.
- Przewidywany czas pracy 20h/tydzień
Dokumenty wymagane do rekrutacji
- życiorys kandydata
- list motywacyjny
- dokument poświadczający status studenta (należy dostarczyć najpóźniej do dnia rozpoczęcia realizacji zadań w projekcie
- podpisana klauzula informacyjna o ochronie danych osobowych
- Przed przystąpieniem do konkursu kandydaci zobligowani są do zapoznania się z Procedurą Zgłoszeń Wewnętrznych.