Opis stanowiska
Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie prowadzić badania w obszarze weryfikacji, testowania i eksploracji modeli sztucznej inteligencji ze szczególnym uwzględnieniem zastosowań w biologii strukturalnej i bioinformatyce. Prace będą koncentrować się na opracowywaniu metod umożliwiających interpretację i kontrolę modeli AI analizujących złożone dane genomowe i epigenomowe oraz dane z symulacji molekularnych.
Do kluczowych zadań należeć będzie:
o analiza danych genomowych i epigenomowych
o modelowanie struktur trójwymiarowych na podstawie danych ChIA-PET, Hi-C i pokrewnych
o opracowywanie i walidacja modeli AI do predykcji oddziaływań molekularnych,
o rozwijanie i stosowanie metod explainable AI do wyjaśniania mechanizmów interakcji biomolekularnych
o opracowywanie eksperymentów benchmarkingowych oraz udział w interpretacji i publikacji wyników.
Od kandydata oczekuje się samodzielności, inicjatywy w rozwiązywaniu problemów badawczych, zaangażowania w realizację zadań projektowych.
Nasze wymagania
- samodzielności, inicjatywy w rozwiązywaniu problemów badawczych
- zaangażowania w realizację zadań projektowych
- aktywnego udziału w seminariach i konferencjach naukowych
- gotowości do przygotowania publikacji i wniosków grantowych dla młodych badaczy.
Zakres obowiązków
- analiza danych genomowych i epigenomowych (iBLESS, ChIA-PET, ChIA-Drop, Hi-C, HiChIP, ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq)
- modelowanie struktur trójwymiarowych na podstawie danych ChIA-PET, Hi-C i pokrewnych
- opracowywanie i walidacja modeli AI do predykcji oddziaływań molekularnych, z wykorzystaniem technik dokowania (GLIDE, AutoDock, RxDock, DOCK 6, LeDock, GOLD) i symulacji dynamiki molekularnej (OpenMM i inne)
- rozwijanie i stosowanie metod explainable AI do wyjaśniania mechanizmów interakcji biomolekularnych
- integracja wyników AI z wiedzą biofizyczną i statystyczna analiza hipotez wynikających z symulacji
- opracowywanie eksperymentów benchmarkingowych oraz udział w interpretacji i publikacji wyników
Dokumenty wymagane do rekrutacji
- wg. załącznika
Załączniki
Dodatkowe informacje dla kandydata
Więcej o projekcie można przeczytać na stronie projektu http://credibleai.eu/