Opis stanowiska
Dyrektor Centrum Nowych Technologii UW, wraz z kierownikiem projektu, ogłaszają konkurs na stanowisko stypendystydoktoranta w Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej Centrum Nowych Technologii UW.
Tytuł projektu: Analiza kopalnych genomów małych ssaków jako narzędzie do rekonstrukcji odpowiedzi gatunków na zmiany klimatu
Kierownik projektu: dr hab Mateusz Baca
Numer konkursu: CeNT-12-2024
Po więcej informacji zapraszamy na:
https://www.uw.edu.pl/wp-content/uploads/2024/03/job-offer_cent-12-2024-sonata-bis-10-baca-doktorant-2-pl_DOP.pdf
Nasze wymagania
- Stopień magistra na kierunku biologia, biotechnologia lub biologia molekularna lub pokrewnym uzyskany do dnia rozpoczęcia stypendium.
- Kwalifikacja i uzyskanie stypendium ze szkoły doktorskiej nauk Ścisłych i Przyrodniczych UW najpóźniej do dnia rozpoczęcia stypendium z projektu (https://szkolydoktorskie.uw.edu.pl/sdnsip/)
- Znajomość podstaw genetyki molekularnej, doświadczenie w pracy laboratoryjnej. Znajomość technik ekstrakcji DNA i przygotowywanie bibliotek DNA do sekwencjonowania.
- Motywacja do pracy
- Znajomość języka angielskiego na poziomie umożliwiającym swobodną komunikację i czytanie ze zrozumieniem literatury specjalistycznej
Mile widziane
- Co najmniej podstawowa umiejętność pracy z systemem operacyjnym Linux.
- Znajomość oprogramowania do obróbki bioinformatycznej (samtools, bedtools, bwa) i analizy danych genomowych (ANGSD, Plink).
- Doświadczenie w wykonywaniu ekstrakcji DNA, w przygotowywaniu bibliotek DNA do sekwencjonowania lub/i w pracy z kopalnym DNA
Zakres obowiązków
- Analiza metagenomowa osadów jaskiniowych z obszaru Europy Centralnej w celu charakteryzacji paleowegetacji. Uzyskane rekonstrukcje wykorzystane zostaną w modelowaniu odpowiedzi gatunków małych ssaków na zmiany klimatu i środowiska. Doktorant będzie miał też możliwość włączenia się w prace zespołu w zakresie analizy populacji małych ssaków z wykorzystaniem danych genomowych. Szczegółowe zadania będą obejmowały: Pobieranie prób osadów na stanowiskach paleontologicznych; ekstrakcja DNA i przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania; ukierunkowane wzbogacanie bibliotek we DNA wybranych gatunków roślin i zwierząt; analiza bioinformatyczna danych w tym klasyfikacja taksonomiczna sekwencji, szacowanie zmienności środowiska, korelacja z danymi genomowymi uzyskanymi dla wybranych gatunków małych ssaków; przygotowanie artykułów naukowych opisujących uzyskane wyniki.
- Rekonstrukcja historii ewolucyjnych wybranych gatunków gryzoni na Wyspach Brytyjskich z wykorzystaniem paleogenomiki. Badania dotyczyły będą norników burych (M. agrestis), norników zwyczajnych (M. arvalis) oraz nornicy rudej (C. glareolus). Zadaniem doktoranta będzie rekonstrukcja procesu kolonizacji i demografii ww. gatunków w okresie późnego plejstocenu i holocenu z wykorzystaniem danych genomowych pozyskanych z okazów paleontologicznych i współczesnych. Szczegółowe zadania będą obejmowały: ekstrakcję kopalnego DNA i przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania NGS, analizę bioinformatyczną danych, analizy populacyjne, modelowanie demografii, identyfikacja sygnałów selekcji, korelacja z danymi paleoklimatycznymi.
Dokumenty wymagane do rekrutacji
- życiorys kandydata
- list motywacyjny
- kopia dyplomu magisterskiego lub zaświadczenie o planowanym terminie obrony
- dokument poświadczający status doktoranta (należy dostarczyć najpóźniej do dnia rozpoczęcia stypendium)
- podpisana klauzula informacyjna o ochronie danych osobowych (https://cent.uw.edu.pl/pl/wp-content/uploads/sites/7/2020/11/Klauzula-informacyjna_przetwarzanie-danych-osobowych.pdf)